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近年来，一些工商资本进入农村，投向农业，成为农村经济发展的重要推力。然而，在资本趋利性的作用下，工商企业或者工商资本在投入农业的运作中，产生了一些倾向性的问题，值得警惕。

一是工商企业流转农用地引发农地流转市场垄断。在农地流转的量上，动辄是成千上万亩，给农地在一定区域和时间内的理性再流转造成了阻滞，使农村基层自治合作组织的功能被弱化。在农地流转市场价格上，工商资本一般给出的流转价格要高于其它形式流转的价格，有的甚至高出40%—50%以上，不但给原有的流转市场带来冲击，而且波及后来的流转价格。在农地流转市场缺乏应有的引导机制的情况下，无序、非理性的竞争将打破原有的农地流转市场平衡，对流转合同、流转保障甚至基层政府和农村基层合作组织的公信力都带来影响。

二是工商企业流转农用地导致农业产业盲目发展。农业生产具有一定的计划和连续性，在一定的区域内，耕作习惯与产业发展互为关联，农地的经营形式也与产业发展方向基本一致。工商资本进入农业之后，追求资本效益的最大化，肯定会打破原有的比较效益较低的产业发展模式，致使其他农户也可能改变原有的生产模式而造成区域产业的不确定性。同时，作为工商企业，经营农业生产并不是主业，对农业生产的特殊性在短时间内不一定能够完全把握，很多农艺流程和农产品经营管理也不完全是书本上的东西，这样就难以产生应有的资本运作效果，甚至造成农地资源浪费。

三是工商企业流转农用地造成农业生产资源失衡。现在很多地方的农业机械化程度很高，农机具保有量很大，有的农业生产技术还是农户增加收入的重要手段。工商企业流转农用地之后，实行的是企业化运作，必然会购置新的适用规模化经营的农机具，采用更为先进的农业生产新技术，或者在改变原有农产品生产方式情况下生产其它农产品，必须配置与之相适应的生产工具。这样，必然给当地的农机具和技术资源带来影响，造成原有机具资源的闲置，在一定区域和产业上带来技术资源和人力资源的浪费，造成失衡。