被征收人可以选择货币补偿、产权调换、货币补偿与产权调换相结合的方式进行补偿。城市更新需要征收个人住宅，被征收人选择在城市更新地段进行房屋产权调换的，房屋征收部门应当提供在城市更新项目或者单元内的房屋，在城市更新项目或者单元内无法提供的，房屋征收部门可以就近提供。
《办法》明确，房屋征收仅给两种符合条件的被征收人产权调换的选择权：一是居住房屋，二是原农村集体经济组织继受单位在非农用地指标范围或者征地返还地上所建符合条件的房屋，以及其他主体在国有土地上所建鼓励发展产业用途的房屋。其他一概实行货币补偿。
《办法》明确规定，房屋征收实行先补偿、后搬迁，任何单位和个人不得采取暴力、威胁等非法方式迫使被征收人搬迁。这意味着行政强拆将成历史。
被征收房屋补偿不低于市场价格
该《办法》在《深圳市公共基础设施建设项目房屋拆迁管理办法》(市政府令第161号，以下简称“161号令”)的基础上，合理提高了补偿标准：《办法》规定对被征收房屋价值的补偿，不得低于房屋征收决定公告之日被征收类似房地产的市场价格。
另外，《办法》首次在住宅房屋的货币补偿中引入置业补助。《办法》对简易房屋、道路和围墙等构筑物、附着物不设固定补偿标准，改为采用评估和协商的方式确定补偿金额。
《办法》还提高了临时安置费、停产停业损失等其他征收补助，主要包括：1、搬迁费补偿标准按不同房屋类型，从161号令的25元每平方米提高到40至60元每平方米;2、实行产权调换的非住宅房屋增加6个月装修调试期安置;3、停产、停业补偿费从161号令规定的3个月提高到6个月;4、擅自改为经营性用途的适当补偿从161号令规定的按租赁指导租金计算调整为按市场租金计算。
《办法》明确规定，房屋征收实行先补偿、后搬迁，任何单位和个人不得采取暴力、威胁等非法方式迫使被征收人搬迁。这意味着行政强拆将成历史。
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