首先，并没有将个人所得全部纳入个人所得税计征范围，特别需要加大收入再分配调节力度的薪酬之外的一些高收入，却调节不到或力度过低。目前，我国个人所得税包括薪酬、稿酬、经营所得等11类。随着经济社会发展和个人收入来源多元化，个人收入所得形式非上述11类所能涵盖。比如，厂主型的富豪，不给自己开工资或仅象征性地开工资，就可以全部或大部规避超额累进税率的调节机制。又如城镇化进程中，大量城市周边居民获得大量房产和补偿收入，从补偿其失地损失的角度看，房产所得合理合法，但既然有收入（货币和非货币）就应该缴纳个人所得税。此外，按照现行政策规定，房屋产权所有人将房屋产权无偿赠与与其有特殊关系的人（包括：（1）配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹；（2）赠与对其承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人；（3）依法取得房屋产权的法定继承人、遗嘱继承人或者受遗赠人等，均免征个人所得税。对于这类特殊关系的受赠者，也应区别对待，比如对未成年或无劳动能力的子女，免征个税体现亲情和人文关怀，而对于已成年且有劳动能力的子女，在遗产赠与税缺失的情况下，再免征个人所得税，则显然无法体现“量能纳税”（纳税能力强的人多纳税）原则，更是显失公平：靠辛勤劳动和智慧获取的收入纳税，而“不劳而获”的收入免税。

其次，同类收入适用不同的计税方法和税率。现行个人所得税法将劳动所得分为三类且分别适用不同的计税方法。三类劳动所得包括：薪酬所得、劳务所得和稿酬，薪酬所得计税方法分别为在减除薪酬所得费用基础上适用7级累进税率，劳务所得在一次性扣除基础上按适用20%的比例税率，稿酬适用20%比例税率，并按应纳税额减征百分之三十。在过去薪酬所得占主体的情况下，分别适用不同政策差异及其所导致的征管难度尚不明显，随着用工制度和雇佣关系多元化，薪酬和劳务之间的边界越发模糊，试图作出清晰界定也越发困难。

第三，同类所得适用不同的政策。典型的例子为财产转移所得，近年来，随着全国二手房交易市场的火爆，房产买卖个人所得税收入规模大幅增加。目前对于个人出售家庭非唯一住房需要缴纳个人所得税，计征时依能查到原值与否，分别适用不同的计征方法。能查到原值的房产按照房产差价（网签价-原值）的20%计征，查不到原值的或公房，按照网签价的1%计征。同一地段相同市场价的房子，在出售时，因房屋状态不同，个人所得税税负差异巨大。比如，现在网签价为400万的房子，因是房主家庭名下非唯一住房需要缴纳个人所得税，如果是公房，则需缴纳个税4万元。如果是商品房，较早购入，相应原值较低，假设原值为100万，则需缴纳个税60万。如果购入较晚原值较高，假设原值为300万，则需缴纳个税20万。同样市价的一套房子，个税可以从4万到60万不等，相差15倍。本来这些政策的出台，寓抑制炒房（快买快卖）的调控目标在其中，但事实上恰恰增加了长期居住持有者的税负，事实上起到了“逆调节”的作用。从中也可以看出，这些政策已然忽视了个人所得税制设计的基本原则（量能纳税原则），税负既与所得类型无关，也与所得者状态无关，税负甚至被一些无关紧要的因素所决定而大相径庭。

上述仅列举了我国个人所得税税制不完善带来的部分负面影响，我国现行个人所得税制真到了必须综合施治作出配套改革完善的时候了。但历数自1994年现行个人所得税基本框架确定以来的历次改革，除了利息所得税开征又暂停征收之外，其他改革均是围绕“起征点”提高而展开，未在“综合”方面迈进。似乎在社会中形成了一种观念，中国个税只有“起征点”有问题，中国个税的问题只有通过提高“起征点”才能解决，而人们恰恰忘记了早在2003年十六届三中全会便提出的个人所得税改革目标——建立“综合与分类相结合”的个人所得税制。这不能不说，因为过度关注个税“起征点”提高，而将民众注意力引向了错误方向，决策部门的大量时间和精力也消解于解释和设计“起征点”政策上，这实际上如同舍本而逐末。