难点：多头管理相对分散
一位国土部人士告诉记者，不动产统一登记是以土地为核心，包括房屋、草原、林地、海域等不动产的统一登记职责。在很长一段时间内，我国的不动产登记分散在多个部门，如建设用地使用权和集体土地所有权等由国土资源部门登记，房屋所有权等由住房和城乡建设部门登记，林地所有权和使用权由林业部门登记，水面、滩涂的养殖使用权由渔业部门登记，海域使用权则由海洋部门登记。
因此，土地、房屋、林地、海域资源“各有其主”，多头管理，相对分散。还有分析人士指出，多年来，由于部门利益牵扯，由哪个部门来进行不动产统一登记一直存有争议，如在住房方面，房地产管理部门和土地管理部门都想获得这个权限。而且，由于不动产涉及多种范围，很多部门对各自领域内不动产类别的数据统计尚未及时更新。
这种局面一直持续到2013年底，国务院常务会议最终决定，将分散在多个部门的不动产登记职责整合由国土资源部承担。职责整合以后，针对不同类型的不动产，将由林业部门发林权证，农业部门发土地承包经营权证，建设部门发房产证、宅基地证，国土部门发土地使用权证。
原中国社科院城市发展与环境研究所所长牛凤瑞告诉记者，统一登记意味着将涉及十余个部门的职责和权力整合、统一到一个部门，必将涉及各个部门的职责再分配，也不可避免要触及其他部门的实际利益，其难度可想而知。
不动产登记如何做到“城乡统一”也是难题之一。牛凤瑞说，不动产类别、性质十分复杂，且城乡之间有较大差异，给统一登记工作带来挑战。仅从城市的房产来看，就存在“房改房”、普通商品房、经济适用房等多个种类，“产权怎么明晰、性质怎么确定都很难操作”。
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