农村近年来人口结构变化巨大，宅基地的位置、大小、性质等还涉及复杂的社会经济关系，统一登记在细节上的难度非常大。牛凤瑞说“比如，宅基地虽然为集体所有，但是在农村实际上可以世代继承，很多农民听说开始确权登记以后都回家去盖房子。”不动产登记要落实起来，未来不能不考虑一些关联效应，比如城乡户籍制度改革等。这些都是未来需要解决的问题。
牛凤瑞还认为，不动产登记工作实际上主要针对个人财产权属进行登记，但是当前阶段，与个人财产相关的各种所有权属类别很多，界定却很难，很多权属在法理层面尚未完全理顺。涉及不动产登记时，利益矛盾很多。
在意见稿的“登记信息共享与保护”章节中，明确规定：不动产登记有关信息与住房城乡建设、农业、林业、海洋等部门审批、交易等信息应当实时互通共享。
此外，国土资源、公安、民政、税务、工商、金融、审计、统计等部门应当加强不动产登记有关信息互通共享。权利人、利害关系人可以依法查询、复制不动产登记资料，不动产登记机构应当提供。有关国家机关可以依照法律、行政法规的规定查询、复制与调查处理案件有关的不动产登记资料。
业内分析指出，这将有利于房产等信息的透明化，甚至有利于推动房产税的征收和反腐工作的进行，存在明显的政策溢出效应。
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