除此之外，记者在各地采访中发现，试点中还普遍存在一些涉农法律法规相抵触导致部分土地难确权、实测面积比二轮承包登记面积增加等多重难题，需要国家进行规范和整合。

首先，一些涉农法律法规相抵触，导致确权中出现的林农矛盾、校田地权属等难以解决。一些基层干部告诉记者，农村与林场、农垦等为邻的耕地一般都存在纠纷，一些耕地实际由村民常年耕种，但林业系统划归林班作业区，双方对重叠区确权存在争议只能暂时搁置。记者从黑龙江国土资源厅了解到，农村集体土地所有权确权中农地和林地交接处的矛盾有上千起，黑龙江省政府层面难以解决，全省5%的所有权证因此搁置未发。

其次，一些法律法规已不利于农村土地流转、现代化经营，如2005年农业部公布的《农村土地承包经营权流转管理办法》第十三条规定，受让方将承包方以转包、出租方式流转的土地实行再流转，应当取得原承包方的同意。但实际情况是多数原承包人已联系不上，有的能联系上也没时间到现场，影响土地流转。

另外，记者在内蒙古相关地区采访了解到，在对农村承包土地重新测量后发现，实测面积比二轮承包登记面积增加的现象较为普遍，且一些地方出现耕地面积大幅增加的情况，容易导致纠纷。据了解，在试点地区五原县，目前实测农田面积比二轮承包登记面积多出将近两倍。另一试点地区开鲁县多出来的面积有3000亩，这些多出来的耕地面积，一部分为农民新开垦的地，一部分为第一次全国土地调查时因测量方法的精度不准或农民瞒报而少计算的面积。

以家庭为单位的农业生产方式给确权到人还是到户(即共有人)也带来了难题。二轮土地承包时采用共有人的方式来明确承包人易导致人口变化带来权属不清的纠纷，但确权到人地块会更零散，不利于集中规模经营。

康俊亮认为，在现行立法确定的农村土地权利体系下，确权不应该作为目的，而是要为下一步改革做准备，也就是改变城乡二元土地结构带来的诸多问题，完善农村土地权利体系，进一步保护农民的权益。（经济参考报）