棚改除了财政直接拨款，主要资金来源渠道包括国家开发银行贷款、商业银行的信贷支持、企业债券产品。《通知》强调要加大金融支持力度，国家开发银行成立住宅金融事业部，重点支持棚改及城市基础设施等相关工程建设。鼓励商业银行等金融机构按照风险可控、商业可持续的原则，积极支持符合信贷条件的棚户区改造项目。推进债券创新，支持承担棚改项目的企业发行债券，优化棚改债券品种方案设计，研究推出棚改项目收益债券。
目前国开行贷款已经成为地方棚改的主要资金来源。山西省金融办银行机构发展处副处长李峰在接受中国房地产报记者采访时表示，“由山西省住建厅牵头的山西省棚户区改造投融资公司正在组建中，未来将专门承接国开行的棚户区改造专项贷款。”商业银行也在逐渐发力。
以北京为例。中国农业银行新闻宣传处周园在接受中国房地产报记者采访时介绍说，农行北京分行推出了棚改专项信贷产品，与国家开发银行联手开展西城百万庄棚改项目银团贷款。此外，还探索了非银行银团贷款的组合融资模式，为首都棚改项目提供多种形式的金融支持。
中信银行宣传部甄世宇在接受中国房地产报记者采访时也介绍，近期中信银行与北京市朝阳区人民政府签署了战略合作协议，中信银行将集中优势资源，对朝阳区包括城镇化建设和现代服务业在内的重点领域和重大项目，如CBD东扩项目、棚改项目等，提供综合金融支持。
尽管如此，商业银行在棚改贷款上的支持力度仍显不够。“关键问题不在商业银行没有足够的资金，而是棚改工程如何让商业银行在风险可控的情况下介入，棚改工程的透明度有待提高。”国际评级机构惠誉（香港）有限公司联席董事张安杰在接受中国房地产报记者采访时分析道。
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